|
|
Proteomic analysis of posttranslation modifications in breast cancer cell line profiles
Predná, Nikola ; Laštovičková,, Markéta (referee) ; Strouhalová,, Dana (advisor)
Estrogenové a progesteronové receptory, stejně jako HER2 protein, jsou v současnosti klinicky nejužitečnějšími metabolickými markery u karcinomu prsu. Tyto markery umožňují určit typ nádoru a nejlepší možnosti jeho léčby. Jeden z nejagresivnějších typů tohoto onemocnění, triple-negative breast cancer (TNBC), však tyto klinicky stanovené biomarkery postrádá. To znamená, že hormonální terapie nebo cílené léky nepřicházejí v úvahu, takže je na výběr méně možností léčby. Aby bylo možné vyvinout nové léky na míru, je zásadní pochopení molekulárního základu onemocnění. V poslední době se mnoho studií zaměřuje na hledání biomarkerů na úrovni proteinů pomocí proteomiky. Proteiny, zejména jejich post-translační modifikace (PTM), jsou jádrem mnoha buněčných událostí a jejich odhalení může pomoci při pochopení mechanismů rakoviny prsu. Pro objevení molekulárních rysů TNBC, je cílem této studie porovnat proteomická data neléčených rakovinných buněčných linií s buňkami, které podstoupily retinoidní terapii. Důraz bude kladen na PTM, zejména glykosylaci a fosforylaci, Vimentinu a CD44, které byly navrženy jako potenciální biomarkery TNBC v předchozích studiích. Proteinová separace bude provedena pomocí 1D a 2D gelové elektroforézy nebo pomocí SEC-HPLC. Vzorky budou také podrobeny enzymatickému štěpení před identifikací pomocí MALDI-TOF hmotnostní spektrometrie. V případě fosfoproteinového selektivního záchytu bude obohacení provedeno afinitní chromatografií s použitím hrotů pro obohacení fosfopeptidu TiO2 (TopTip). Glykosylované proteiny budou obohaceny pomocí WGA lektinové afinitní chromatografie. Proteiny s významnými rozdíly v PTM mezi ošetřenými a neošetřenými buňkami budou blíže hodnoceny pomocí proteinových databází (MASCOT, STRING a další). Data získaná ze studie budou případně použita k navržení potenciálních biomarkerů pro TNBC.
|
|
|
Proteomic approach for the study of cancer cell line profiles.
Predná, Nikola ; Langová, Denisa (referee) ; Strouhalová,, Dana (advisor)
Triple-negativní karcinom prsu (TNBC), velice agresivní podtyp rakoviny prsu, je známý svou nepříznivou prognózou a omezenými možnostmi léčby. V tuto chvíli je chemoterapie považována za hlavní způsob léčby. Za účelem vyvinutí nových účinných léčiv je snaha pochopit molekulární základ této nemoci. V důsledku toho bylo již několik potenciálně aktivních látek pro tento konkrétní typ rakoviny prsu podrobeno výzkumu. V poslední době se mnoho studií zabývající touto záležitostí provádí za použití proteomiky jakožto prostředku ke studiu proteomů rakovinných buněk. Rakovinové buňky obsahují klíčové rozdíly v proteinech, které regulují mechanismy buňky. Mapování těchto mechanismů může nakonec umožnit diagnostikovat stav organismu. Tato práce se zaměřuje na proteomické studium buněk TNBC a porovnává neošetřené buňky s buňkami, které byly podrobeny léčbě retinoidy. Separace proteinů a peptidů byla úspěšně provedena elektroforézou na 1D a 2D gelu. Kromě toho byly vzorky podrobeny enzymatickému štěpení vybraných proteinů, které byly poté identifikovány pomocí hmotnostní spektrometrie MALDI-TOF (MS). Proteiny, které se podílejí na procesu epiteliálně-mezenchymálního přechodu (EMT), byly poté kvantifikovány a porovnány mezi vzorky.
|
|
|
Proteomic analysis of posttranslation modifications in breast cancer cell line profiles
Predná, Nikola ; Laštovičková,, Markéta (referee) ; Strouhalová,, Dana (advisor)
Estrogenové a progesteronové receptory, stejně jako HER2 protein, jsou v současnosti klinicky nejužitečnějšími metabolickými markery u karcinomu prsu. Tyto markery umožňují určit typ nádoru a nejlepší možnosti jeho léčby. Jeden z nejagresivnějších typů tohoto onemocnění, triple-negative breast cancer (TNBC), však tyto klinicky stanovené biomarkery postrádá. To znamená, že hormonální terapie nebo cílené léky nepřicházejí v úvahu, takže je na výběr méně možností léčby. Aby bylo možné vyvinout nové léky na míru, je zásadní pochopení molekulárního základu onemocnění. V poslední době se mnoho studií zaměřuje na hledání biomarkerů na úrovni proteinů pomocí proteomiky. Proteiny, zejména jejich post-translační modifikace (PTM), jsou jádrem mnoha buněčných událostí a jejich odhalení může pomoci při pochopení mechanismů rakoviny prsu. Pro objevení molekulárních rysů TNBC, je cílem této studie porovnat proteomická data neléčených rakovinných buněčných linií s buňkami, které podstoupily retinoidní terapii. Důraz bude kladen na PTM, zejména glykosylaci a fosforylaci, Vimentinu a CD44, které byly navrženy jako potenciální biomarkery TNBC v předchozích studiích. Proteinová separace bude provedena pomocí 1D a 2D gelové elektroforézy nebo pomocí SEC-HPLC. Vzorky budou také podrobeny enzymatickému štěpení před identifikací pomocí MALDI-TOF hmotnostní spektrometrie. V případě fosfoproteinového selektivního záchytu bude obohacení provedeno afinitní chromatografií s použitím hrotů pro obohacení fosfopeptidu TiO2 (TopTip). Glykosylované proteiny budou obohaceny pomocí WGA lektinové afinitní chromatografie. Proteiny s významnými rozdíly v PTM mezi ošetřenými a neošetřenými buňkami budou blíže hodnoceny pomocí proteinových databází (MASCOT, STRING a další). Data získaná ze studie budou případně použita k navržení potenciálních biomarkerů pro TNBC.
|
|
|
Proteomic approach for the study of cancer cell line profiles.
Predná, Nikola ; Langová, Denisa (referee) ; Strouhalová,, Dana (advisor)
Triple-negativní karcinom prsu (TNBC), velice agresivní podtyp rakoviny prsu, je známý svou nepříznivou prognózou a omezenými možnostmi léčby. V tuto chvíli je chemoterapie považována za hlavní způsob léčby. Za účelem vyvinutí nových účinných léčiv je snaha pochopit molekulární základ této nemoci. V důsledku toho bylo již několik potenciálně aktivních látek pro tento konkrétní typ rakoviny prsu podrobeno výzkumu. V poslední době se mnoho studií zabývající touto záležitostí provádí za použití proteomiky jakožto prostředku ke studiu proteomů rakovinných buněk. Rakovinové buňky obsahují klíčové rozdíly v proteinech, které regulují mechanismy buňky. Mapování těchto mechanismů může nakonec umožnit diagnostikovat stav organismu. Tato práce se zaměřuje na proteomické studium buněk TNBC a porovnává neošetřené buňky s buňkami, které byly podrobeny léčbě retinoidy. Separace proteinů a peptidů byla úspěšně provedena elektroforézou na 1D a 2D gelu. Kromě toho byly vzorky podrobeny enzymatickému štěpení vybraných proteinů, které byly poté identifikovány pomocí hmotnostní spektrometrie MALDI-TOF (MS). Proteiny, které se podílejí na procesu epiteliálně-mezenchymálního přechodu (EMT), byly poté kvantifikovány a porovnány mezi vzorky.
|
|
|
Study of the variations in the expression of different adhesion and cytoskeletal proteins of podocytes (E-Cadherin, Podocin, Vimentin) due to Bisphenol A
Chvojanová, Zuzana ; Kovařík, Miroslav (advisor) ; Němečková, Ivana (referee)
Charles University, Faculty of Pharmacy in Hradec Králové, Department of Biological and Medical Sciences The University of Alcalá, Faculty of Medicine, Department of biomedicine and biotechnology Student: Zuzana Chvojanová Supervisor: PharmDr. Miroslav Kovařík, Ph.D. Consultant: María Isabel Arenas Jimenéz Title of the diploma thesis: Study of the variations in the expression of different adhesion and cytoskeletal proteins of podocytes (E-Cadherin, Podocin, Vimentin) due to Bisphenol A Bisphenol A (BPA) is one of the most widespread compounds in the world, producing over 6 billion metric tons per year. It is widely used as part of polycarbonate plastics and epoxy resins, from which reusable plastic bottles, food boxes and some medical equipment are made. It is also used to coat the inner layer of the cans. Previous studies have shown that BPA contributes to many chronic diseases in the human body, such as kidney disease - diabetic nephropathy. Podocytes - terminally differentiated cells of the Bowman's capsule in glomerulus - are an integral part of the filtration barrier, where they play an important role in preventing the plasmatic proteins from penetrating to the urine. Therefore, in this study, we looked at the effect of BPA on these cells and their particular proteins, using both in vivo and...
|
|
|
Study of the variations in the expression of different adhesion and cytoskeletal proteins of podocytes (E-Cadherin, Podocin, Vimentin) due to Bisphenol A
Chvojanová, Zuzana ; Kovařík, Miroslav (advisor) ; Němečková, Ivana (referee)
Charles University, Faculty of Pharmacy in Hradec Králové, Department of Biological and Medical Sciences The University of Alcalá, Faculty of Medicine, Department of biomedicine and biotechnology Student: Zuzana Chvojanová Supervisor: PharmDr. Miroslav Kovařík, Ph.D. Consultant: María Isabel Arenas Jimenéz Title of the diploma thesis: Study of the variations in the expression of different adhesion and cytoskeletal proteins of podocytes (E-Cadherin, Podocin, Vimentin) due to Bisphenol A Bisphenol A (BPA) is one of the most widespread compounds in the world, producing over 6 billion metric tons per year. It is widely used as part of polycarbonate plastics and epoxy resins, from which reusable plastic bottles, food boxes and some medical equipment are made. It is also used to coat the inner layer of the cans. Previous studies have shown that BPA contributes to many chronic diseases in the human body, such as kidney disease - diabetic nephropathy. Podocytes - terminally differentiated cells of the Bowman's capsule in glomerulus - are an integral part of the filtration barrier, where they play an important role in preventing the plasmatic proteins from penetrating to the urine. Therefore, in this study, we looked at the effect of BPA on these cells and their particular proteins, using both in vivo and...
|
|
|
Changes in beta-catenin expression during ontogenesis in the transgenic minipigs for human mutant huntingtin
Žižková, Martina ; Motlík, Jan (advisor) ; Jarkovská, Karla (referee)
Huntington's disease (HD) is an inherited autosomal dominant neurodegenerative disorder caused by an unstable expansion of the CAG repeat sequence within the huntingtin gene. Huntingtin associates with ubiquitin-proteasome system that ensures degradation of particular proteins including β-catenin which is an important molecule whose equilibrated degradation is necessary for the proper functioning of the Wnt signaling pathway. The binding of β-catenin to the destruction complex is altered in HD, leading to the toxic stabilization of β-catenin. The main goal of my thesis was to determine whether the accumulation of β-catenin due to the presence of mutant huntingtin is also characteristic of Liběchov minipigs, a large animal model of Huntington's disease stably expressing N-truncated human mutant huntingtin. Using immunoblot and specific antibodies, we have revealed age-dependent accumulation of mutant huntingtin in transgenic minipigs. Unlike endogenous huntingtin, no decrease of the level of mutant huntingtin was observed in the striatum of transgenic animals. Surprisingly, this was followed by a decrease of phosphorylated β-catenin. Nevertheless, our results demostrate the accumulation of β-catenin in mesenchymal stem cells isolated from the oldest boars during ontogenesis. Furthermore, we have revealed a...
|
|
| |
guest ::
